Nói đến vi khuẩn làm nhiều người liên tưởng đến các loại bệnh tật nguy hiểm như: lỵ, thương hàn, tả, dịch hạch… làm người ta hết sức lo sợ. Thực ra không phải mọi loại vi khuẩn đều gây hại. Ví dụ trong đường tiêu hoá của người có không ít loại vi khuẩn có lợi, giúp cơ thể tiêu hoá thức ăn cũng như ức chế các loại vi khuẩn có hại sinh sôi nảy nở. Ngoài ra vi khuẩn cũng giúp cho người trong việc sản xuất thực phẩm và trong công nghệ hoá học.
Bánh bao, bánh mì là hai loại thức ăn khá phổ biến ở nhiều nước. Để sản xuất hai loại bánh này, đều phải thông qua quá trình lên men. Thường ngày người ta hay uống như bia, rượu nho, rượu trắng… Để sản xuất ra các đồ uống này cũng đều phải qua quá trình lên men. Người Trung Quốc đã biết sản xuất rượu từ hơn 4000 năm trước.
Từ những năm 80 của thế kỷ XIX đến những năm 30 của thế kỷ XX, người ta đã tiến thêm một bước dài về việc sử dụng vi khuẩn chế tạo nhiều sản phẩm hóa học như cồn, glyxerol, rượu butylic, axeton, axit xitric… Để sản xuất cồn với quy mô đại công nghiệp, đến nay người ta vẫn còn dùng quá trình lên men, vì lên men có thể dùng nguyên liệu rẻ tiền như khoai lang, ngô trực tiếp sản xuất được cồn, công nghệ giản đơn, giá thành hạ. Vào những năm 40 của thế kỷ XX, các nhà khoa học đã cấy lượng lớn men để sản xuất các chất kháng sinh như penixilin, streptomixin, cloro-myxelin… là những loại thuốc có tác dụng chống dịch bệnh, chữa bệnh có hiệu quả thường được dùng trong chữa bệnh lâm sàng.
Nhờ sự phát triển của khoa học kỹ thuật, ngày nay người ta đã sản xuất được nhiều loại dược phẩm. Ngoài các kháng sinh người ta còn dùng các vi khuẩn để sản xuất nhiều loại hocmon, steroit, vitamin, amino axit, protein, kiềm sinh vật, các kháng nguyên cùng những loại thuốc mới, có thể chống ung thư hiệu quả.
Vi khuẩn là một họ lớn, có loại nguy hiểm cho sức khoẻ con người, nhưng cũng có nhiều loại vi khuẩn có ích. Có thể tin rằng nhờ sự phát triển của khoa học kỹ thuật, công nghệ sinh học sẽ có tiền đồ rộng lớn.