Đất phèn rất có hại cho cây trồng, chủ yếu ở hai mặt: một là do trong đất tích trữ được muối tương đối nhiều làm giảm rất nhiều “thủy áp” trong dung dịch thổ nhưỡng, khả năng giữ nước tăng nhiều, khiến cho bộ rễ thực vật gặp rất nhiều khó khăn trong việc hấp thụ nước. Thực vật không được đáp ứng đầy đủ nước sẽ bị chết. Thứ hai là trong đất phèn thường có một số loại muối như clorua natri, hàm lượng quá lớn, có hại cho cây trồng.
Cây trồng đa số không chịu được đất phèn, nhưng cũng có một số loại cây có thể chịu được. Chúng có khả năng chống lại đất phèn rất đa dạng.
Có một số cây có lá và thân có hàm lượng muối cao. Nhưng lượng muối này có thể kết hợp với các chất trong các tế bào, không gây nguy hại gì. Đồng thời chúng có “thủy áp” rất thấp có thể hút nước trong dung dịch thổ nhưỡng.
Có một số thực vật như cỏ lá thìa, cây liễu cỏ, thân và lá của chúng đều có các tuyến bài tiết muối, chúng có thể hấp thụ lượng muối quá nhiều từ trong đất phèn, nhờ các tuyến này bài tiết ra ngoài, qua gió thổi mưa rơi, lượng muối sẽ bị thất thoát đi, những thực vật này gọi là những “cây bài tiết muối”.
Có một số cây như cây ngải, cây nhót, cây điền thanh,... bộ rễ của những loại cây này có tính thẩm thấu muối thấp, trong cơ thể vốn không tích được lượng muối lớn, nhưng do chứa tương đối nhiều những chất đường và axit hữu cơ có thể hòa tan, khiến cho thủy áp trong các tế bào giảm, tăng khả năng hấp thụ nước từ đất phèn.
Cây sinh sống trong đất mặn có chung một đặc điểm là mức độ trao đổi tương đối thấp, sức sống không dồi dào, vì vậy có thể chống chịu sự nguy hại của chất muối.
Trong một số cây trồng, cây củ cải đường có sức chịu muối rất tốt, cây bông, cao lương... cũng chịu được muối. Cùng một loại cây ở trong từng thời kỳ sinh trưởng, khả năng chịu mặn cũng khác nhau. Thường thì thời kỳ nảy mầm là dễ nhạy cảm với chất muối nhất, khó chịu được mặn, đến khi cây phát triển, khả năng chịu mặn cũng tăng dần. Cho nên trong sản xuất có thể chọn các biện pháp canh tác khác nhau giúp cây trồng tránh được sự nguy hại của muối trong thời kỳ nhạy cảm nhất với muối, để từ đó đạt được thu hoạch cao.